Альтомар представляет собой столичный город, расположенный в водном пространстве. Помимо архитектурных особенностей, местность известна легендой о двух уникальных покемонах, обитающих в этом регионе. Сюжет аниме фокусируется на путешествии тренера Эша Кетчума и его покемона Пикачу, которые прибывают в Альтомар. В ходе событий они встречают двух загадочных покемонов — Ратиасу и Ратиосу, которые являются братом и сестрой. Эти покемоны демонстрируют необычную эмоциональную связь, позволяющую им понимать друг друга без слов.
На Ратиасу и Ратиосу обращают внимание сёстры Занна и Рион, профессиональные охотники за покемонами. Они планируют захватить этих покемонов для своих целей. В процессе попытки поимки охотники вступают в конфликт с Эшем и его спутниками, вынуждая их вмешаться в ситуацию. Положение усложняется тем, что легендарные покемоны связаны с артефактом под названием "Капля души", который, согласно преданию, обладает потенциалом затопить город Альтомар.
Дополнительной угрозой для города становится появление покемона Деоксиса, который проявляет агрессию по отношению к Альтомару. Основной сюжет строится вокруг попыток Эша и его команды защитить Ратиасу и Ратиосу от охотников, одновременно исследуя связь между легендарными покемонами, артефактом "Капля души" и причинами нападения Деоксиса. Разрешение этих событий определяет судьбу города и его обитателей.