Действие происходит в городе Альтомар, который является столицей водного региона. Этот населённый пункт известен не только своим архитектурным обликом, но и местной легендой о двух редких покемонах. Тренер Эш Кетчум и его покемон Пикачу прибывают в Альтомар, где случайно встречают этих легендарных существ — Ратиасу и Ратиосу. Данные покемоны, представляющие собой брата и сестру, демонстрируют необычную эмоциональную связь, способную передавать чувства без слов.
На Ратиасу и Ратиосу обращают внимание сёстры Занна и Рион, профессиональные охотники за покемонами. Они начинают преследование с целью поимки этих редких существ. В ходе их попыток в конфликт оказываются вовлечены Эш и его спутники, вынужденные вмешаться для защиты покемонов. Ситуация осложняется тем, что легендарные покемоны связаны с артефактом под названием «Капля души», который, согласно преданиям, обладает потенциалом для затопления города Альтомар.
Развитие событий приводит к нападению на город другого покемона, Деоксиса. Дальнейший сюжет раскрывает причины этой атаки, а также исследует взаимосвязь между угрозой затопления, легендарными покемонами и действиями охотников. Разрешение конфликта зависит от действий Эша и его друзей, которые пытаются предотвратить потенциальную катастрофу и защитить Ратиасу и Ратиосу.