Вселенная Gundam представляет собой единую хронологию, где события и персонажи связаны с исходной серией Mobile Suit Gundam. Аниме Gundam Z является прямым продолжением оригинального сюжета. В первой части Mobile Suit Gundam показан конфликт между Земной Федерацией и Княжеством Зион, который завершился победой Федерации. Однако послевоенная обстановка привела к формированию новой военной организации "Титаны" и ответного сопротивления в лице антиземного союза AEUG.
AEUG, или Союз борцов с Землей, ставит своей целью борьбу с авторитарным правлением "Титанов". В его рядах служат как бывшие пилоты Федерации, так и выходцы из Зиона. В 0087 году по универсальному календарю главный герой, Камил Видан, оказывается вовлечен в конфликт. После задержания ему удается бежать на экспериментальном мобильном судне Gundam Mk-II во время нападения сил AEUG на колонию.
В результате этого инцидента Камил попадает на корабль AEUG "Аргама". Перед ним встает задача определить свою позицию в продолжающемся противостоянии. Его решение осложняется личными обстоятельствами, включая судьбу родителей, которые оказываются по разные стороны конфликта. Дальнейшее развитие сюжета показывает, как выбор Камила влияет на ход событий и его отношения с окружающими.